Ekstrakurikuler kaligrafi di MTsN Singkawang merupakan salah satu kegiatan seni bernuansa religius yang mengasah keindahan tulisan Arab sekaligus menanamkan nilai-nilai spiritual kepada para siswanya. Dalam kegiatan ini, siswa dilatih menguasai berbagai gaya tulisan khat seperti naskhi, tsuluts, dan diwani, dengan bimbingan guru pembina yang berpengalaman di bidang seni kaligrafi Islam. Proses latihan tidak hanya menuntut ketekunan dan ketelitian, tetapi juga kesabaran dan ketenangan hati, karena setiap goresan huruf mengandung nilai estetika dan makna spiritual yang mendalam.
Selain menjadi sarana pengembangan bakat seni, ekskul kaligrafi MTsN Singkawang juga sering mengharumkan nama madrasah melalui berbagai prestasi di tingkat kota. Para peserta kerap meraih juara dalam lomba kaligrafi pelajar, baik pada ajang keagamaan maupun festival seni Islami. Prestasi tersebut menunjukkan bahwa kegiatan ini bukan sekadar latihan menulis indah, melainkan juga bentuk penghayatan terhadap nilai keislaman dan budaya literasi Arab. Ekskul kaligrafi pun menjadi kebanggaan madrasah karena mampu memadukan keindahan seni dan kekuatan iman dalam satu kesatuan yang harmonis.