Masjid MTsN Singkawang menjadi pusat kegiatan keagamaan yang penting bagi seluruh warga madrasah, tempat guru dan siswa melaksanakan salat Zuhur dan Asar berjamaah setiap hari. Meski kondisi bangunannya saat ini sudah kurang baik dan kapasitasnya belum mampu menampung seluruh jamaah, semangat kebersamaan dan kekhusyukan ibadah tetap terjaga. Di tengah keterbatasan tersebut, madrasah terus berupaya meningkatkan fasilitas keagamaan, yang diwujudkan melalui proses pembangunan masjid baru yang lebih luas, representatif, dan nyaman. Harapannya, masjid baru ini kelak menjadi pusat spiritual dan pembinaan karakter islami yang semakin kuat bagi seluruh sivitas MTsN Singkawang.
